菇蠅，又稱菌蛆，是一種以食用菌子實體為食的昆蟲，主要通過取食子實體造成隧道，影響食用菌的品質。菇蠅的幼蟲在子實體內部活動，形成的傷口容易被病菌感染而腐爛。為了防治菇蠅，可以在不同的生長階段採取不同的方法，例如在出菇前使用敵敵畏熏蒸，並在每個培養塊上噴灑1%的氯化鉀或氯化鈉溶液；出菇後則可以使用魚藤精、除蟲菌酯等低毒農藥進行噴灑。此外，加強通風和調節溫濕度也是防治菇蠅的有效措施。
菇蚊，也被俗稱為菇蠅，是一種以幼蟲期為害的昆蟲，主要在食用菌的培養料表面蛀食，有時還會結網覆蓋菇蕾，影響其正常生長。防治菇蚊的方法包括採收後噴灑敵百蟲等殺蟲劑，並在菇棚門口和視窗處設定尼龍紗以防成蟲飛入產卵。同時，應徹底消毒倉庫和飼料間，以杜絕蟲源侵入菇棚。
菇蚊的成蟲體型黑瘦，帶有黃色的足，產下的卵呈現橢圓形，淡黃綠色，半透明。孵化的幼蟲外形與家蠅的幼蟲相似，個頭細長，頭部黑色，蟲體白色。