企鵝飛行棋的玩法如下：
起飛。玩家輪流投擲骰子，只有投到6點時，棋子才能起飛。如果玩家已有棋子在路上，可以選擇使棋子行進6步，或者在改進規則中，只要擲得5點以上的點數就可以起飛。
迭子。己方棋子若走至同一格內，可以迭在一起，形成“迭子”。敵方棋子不能在迭子上面飛過。當敵方棋子正好停留在迭子上方時，敵方棋子與迭子上的棋子將同時返回停機坪。
撞子。棋子在行進過程中，若已有敵方棋子停留，可以將敵方的棋子逐回基地。
跳子。棋子在地圖行進時，若停留在和自己顏色相同的格子，可以向前一箇相同顏色格子跳躍。若棋子由上一個顏色相同的格子跳至顏色相同而有虛線連接的格內，可以按照虛線箭頭指示的路線，通過虛線到前方顏色相同的一格，並可繼續跳子。
飛棋。棋子若正好行進至顏色相同而有虛線連接的格子，可以按照虛線箭頭指示的路線，通過虛線到前方顏色相同的一格。
終點。終點是遊戲棋子的目的地。當玩家有棋子到達本格時，表示到達終點，不能再控制該棋子。玩家要剛好走到終點處才能算“到達”，如果玩家扔出的骰子點數無法剛好走到終點，多出來的點數，棋子將往回走。
勝負判定。某一方玩家的四個棋子首先都到達終點則遊戲結束，該玩家獲勝，其他玩家失敗。
此外，在遊戲中，玩家可以通過連續投擲骰子，直到顯示點數不是6點或遊戲結束。在改進規則中，如果連續三次擲得6點，則己方所有棋子返回停機坪，且不得再次投擲骰子。