製作佛珠的方法有多種，以下是一種常見的製作流程：
開料。首先去除毛料的無用部分，只保留有美麗花紋的「留疤」部分，然後將這些部分鋸成小塊，並標記出中心點。
打孔。孔洞的準確性對於佛珠的最終外觀至關重要，可以使用水磨機將珠子加工成完美的圓形，確保孔洞位於珠子的中心，並保持直線。
磨圓和拋光。使用砂紙從粗到細進行磨圓和拋光，這個過程需要耐心，尤其是使用細砂紙時，可以使用布輪進行更細緻的拋光，以達到玻璃般的表面光澤。
穿線。使用鈎針和水晶線（或其他結實線材）將珠子穿起來，選擇最好的珠子保留，因為製作佛珠的出材率較低。
除此之外，也可以使用數控小車床對木料進行加工，這種方法對木料形狀有一定要求，或者使用手槍鑽和鑽筒刀具直接鑽出珠子，這種方法對木料的形狀要求不高。在家庭製作中，可以簡化工具和流程，例如使用手槍鑽和砂紙進行打磨，或者購買佛珠自動拋光機以提高效率。
記得在穿線時使用雙線穿珠的方式，以確保佛珠的結實和美觀。