乳酸菌
製作乳酪通常使用的菌種主要是乳酸菌，這些乳酸菌通過純培養製成發酵劑，用於酸化牛乳，從而製備乾酪。在乾酪生產中，常用的乳酸菌包括鏈球菌、明串珠菌和乳桿菌等，這些菌株可以單獨使用或混合使用。現代乾酪生產中，多菌株發酵劑或複合菌株發酵劑的套用較為普遍。發酵劑的作用不僅在於酸化牛乳，還有助於成熟過程中蛋白水解作用的發生，以及細胞內蛋白水解酶的釋放，這對於降解酪蛋白寡肽成小肽和胺基酸是必要的。
例如，切達乳酪的製作過程中幾乎不引入多餘的細菌，僅使用乳酸菌進行酸化。此外，乳酪發酵劑中常用的乳酸菌為益生菌的一類，對人體具有保健作用，如維持腸道內正常菌群的穩定和平衡，降低血清膽固醇等。
具體到羊乳酪的製作，主要使用的乳酸菌菌種包括乳酸乳球菌乳酸亞種（Lactococcus lactis subsp. lactis）、乳酸乳球菌乳脂亞種（Lactococcus lactis subsp. cremoris）、乳酸乳球菌雙乙醯亞種（Lactococcus lactis subsp. diacetylicum）以及腸膜明串珠菌乳脂亞種（Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris）等。常見的菌株還包括保加利亞乳桿菌（L. bulgaricus）、嗜熱鏈球菌（S. thermophilus）和乾酪乳桿菌（L. casei）。