《元尊》境界的故事可以分為以下幾個部分：
1. 覺醒境：這是踏入鍊氣士的起點，也是打基礎的境界，分為九重。每一重都有明顯的標誌，如肌肉舒展、氣息平穩等。主角周元在這個境界有著特殊的金色命格。
2. 融天境：氣息徹底凝鍊，可以融化靈源，此境界分為四重。到達第三重時，肉身和靈源皆會凝鍊如鋼，能直接壓迫空氣。
3. 蒼穹境：在這個境界，鍊氣士能手摘星辰，可戰鬥實力暴漲，自身氣場也十分強橫。這一境界共分七重，到達第七重時，能直接壓碎空間。
4. 真玄境：在這個境界，體內靈海以氣旋的形式遊蕩，元氣完全形成。主角周元在此境界掌握無上技巧——大陰陽手。
5. 古神境：修煉者的實力能影響天地規則，還能分身無數、自爆護友。同時有類似於靈力的新物質“神紋”誕生，可用以攻擊、輔助以及洗鍊血肉，進入此境界後便能成為皇族氣運之子，接引秘藏之中的強者指導。
6. 魂靈境：蘇幼娘成為一品柱玄師的門檻（其實很多人可以直接達到二品），同時也是突破一品玄師的門檻的關鍵一步。突破後將成為二品鍊氣士，踏入半聖之境。
總的來說，《元尊》的境界體系以氣海境到聖域為修煉中的質變點，之後的更高境界則屬於另外一套體系。每個境界都有其特殊的能力和特點，主角周元在每個境界都有著自己的技巧和心得。