公司扣稅的計算主要涉及增值稅和企業所得稅兩個方面。對於小規模納稅人，增值稅的計算方法是簡易計稅方法，即不含稅的銷售額乘以適用的徵收率。當前適用的徵收率爲3%，且可以享受減按1%徵收的政策。如果小規模納稅人季度應稅銷售額不超過30萬，還可以享受免徵增值稅的政策。而對於一般納稅人，增值稅的計算方法是銷項稅額減去進項稅額，銷項稅額是不含稅的銷售額乘以適用的稅率，稅率根據具體應稅銷售行爲不同分爲13%、9%、6%以及零稅率。
企業所得稅的計算則以利潤爲計稅依據，即稅法認可的利潤乘以企業所得稅的稅率。稅法認可的利潤並不完全等同於會計上的利潤，因爲存在稅會差異。如果企業滿足小型微利企業的條件，可以享受優惠政策，減按25%計入到應納稅所得額當中，按照20%的稅率來繳納企業所得稅。如果企業不滿足小型微利企業的條件，那就要按照標準的稅率25%來繳納企業所得稅。
此外，如果公司將利潤分配給股東個人，股東個人還需要繳納個人所得稅。這個稅款通常是按照分紅金額的20%去交的。