公馬和母馬之間存在一些顯著的差異：
性別特徵：公馬通常有明顯的睪丸，而母馬沒有。此外，母馬的尿道口位於屁眼下方，而公馬的尿道口位於腹部。這些特徵是判斷公馬和母馬性別最直觀的方法。
體格大小：公馬通常體型較大，骨骼粗壯，頭大，頸部肌肉豐滿，胸深而寬，中軀較短，被毛濃密且長毛髮達。相比之下，母馬體型較小，體質偏細緻，頭較小，頸較細，胸不太寬，胸圍率稍大，中軀較長，被毛細軟且長毛較少。
毛髮和性情：公馬的毛髮粗長而密，性情暴躁，好動。而母馬的毛髮細軟稀薄，性情溫順，喜歡安靜。
牙齒數量：公馬通常有40個牙齒，而母馬則有36個。
體力與奔跑速度：公馬體力較強，奔跑速度較快，因為它們需要吸引母馬的注意以獲得交配權。母馬則體力相對較弱，奔跑速度也相對較慢，通常只追隨自己中意的公馬。
作用與馴服：公馬在馴服後通常成為農業生產、交通甚至軍事上的好幫手，是主人的忠實夥伴。母馬則性情安靜，比較好駕馭，主要作用包括繁殖產仔和產奶，以及完成一些力所能及的農活。在母馬懷孕期間，通常不能從事體力活動。
綜上所述，公馬和母馬在外觀、性格、體格、毛髮、牙齒數量、體力與奔跑速度以及作用等方面都存在明顯的差異。