分公司的賬務處理主要涉及會計核算和納稅兩個方面。分公司的會計核算方式主要有兩種：
報賬制：
分公司只設一名出納，不設會計。
出納負責記錄現金和銀行存款的流水賬。
每月將發票等原始憑證送至總公司進行會計核算。
分賬制：
分公司設立會計和出納，對分公司及其業務活動進行會計核算。
每月將分公司的會計報表送至總公司，由總公司合併後報送至相關部門。
在分賬制下，總公司與分公司之間的經濟業務往來通過設定「內部往來賬」進行處理。總公司使用「其他應收款——××分公司」賬戶，而分公司使用「其他應付款——總公司」賬戶。在報表合併時，總公司與分公司的內部往來賬正好對沖為零，確保賬務處理的清晰和準確。
納稅方面，無論分公司是否獨立核算，其納稅方式相同。遵循的是跨地經營的企業所得稅徵收管理辦法，即分公司與總公司實行「統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫」。這種方式確保了分公司和總公司在稅務上的統一管理和協調。
此外，關於資本金和固定資產的會計處理，如果資本金是總公司對分公司的原始投入，總公司應作為「長期股權投資」記錄，而分公司則作為「實收資本」或「股本」記錄。至於固定資產，應根據其使用情況（總公司使用或分公司使用）分別記錄。如果資產在相互之間借用、租用或無償調撥，則應按照相關的會計方法進行處理。