分解者的呼吸作用主要是指分解者（如細菌、真菌、某些動物等）在分解動植物殘體和排泄物的過程中，通過呼吸作用將有機物質轉化為無機物質，為自身提供能量。這一過程涉及到有機物的分解，如將有機物分解成無機物（水、無機鹽、二氧化碳），同時釋放能量。
分解者的呼吸作用與分解者的分解作用不同，後者主要是指分解者將大分子有機物逐步降解成小分子有機物，直至最後完全礦化成無機物，返回無機環境的過程。這一過程對於生態系統的物質循環至關重要，如果沒有分解者的作用，動植物的殘體和排泄物將無法循環，物質將被鎖在有機質中，不能被生產者利用，最終導致生態系統的崩潰。