刺客教條奧德賽的故事是一個關於英勇刺客佩爾圖斯（Patroclus）的冒險故事，他為了追求自由與真理而與眾多刺客和敵人進行鬥爭。故事主要圍繞著佩爾圖斯與忒修斯（Theseus）的關係展開，忒修斯是一位偉大的領袖和刺客，他與佩爾圖斯之間的關係發展成為了故事的主線。
故事中，佩爾圖斯開始在城市中尋找自由，並與一群志同道合的刺客組成一個小組。他們一起面對敵人、解決挑戰，並在刺客的世界中尋找真理。故事中還涉及了許多歷史事件和人物，如忒修斯、雅典娜（Athena）、赫拉克勒斯（Hercules）等。
在故事的高潮部分，佩爾圖斯和他的團隊面對了一個巨大的敵人，他們需要通過一系列挑戰和試煉才能成功殺死這個敵人。這些挑戰包括解開一個巨大的謎題、解救被困的人質、奪回重要的物品等等。在這些挑戰中，佩爾圖斯和他的團隊展示了他們的勇敢、智慧和技能，最終成功地殺死了敵人並為城市帶來了和平。
故事結束時，佩爾圖斯為了追求更高的真理而離開了城市，留下了眾多讀者對於他的未來的猜想和憧憬。這個故事被認為是一個英勇、智慧和愛的偉大傳奇，為讀者提供了一個深刻的思考和感受刺客文化的魅力的機會。