功能水域，也稱為水功能區，是根據水資源自然條件和開發利用現狀，按照流域綜合規劃、水資源保護規劃和經濟社會發展要求，在相應水域按其主導功能劃定範圍並執行相應水環境質量標準的水域。
水功能區劃採用兩級體系，一級區劃分為保護區、保留區、開發利用區、緩衝區四類；二級區劃將一級區劃中的開發利用區細化為飲用水源區、工業用水區、農業用水區、漁業用水區、景觀娛樂用水區、過渡區、排污控制區七類。這些區劃旨在從巨觀上調整水資源開發利用與保護的關係，主要協調地區間用水關係，同時考慮區域可持續發展對水資源的需求。例如，飲用水源區主要是為城鎮提供綜合生活用水的水域；工業用水區是為滿足城鎮工業用水需求的水域；農業用水區是為滿足農業灌溉用水需求的水域；漁業用水區具有魚、蝦、蟹等水生生物養殖需求的水域。