募兵制作爲一種軍事制度，存在一些明顯的缺點：
養兵成本大：募兵制要求國家有強大的經濟實力來支撐龐大的軍隊開支，這包括士兵的薪酬、裝備、訓練等費用。在封建社會生產力低下的情況下，這種開支往往難以維持。
忠誠度問題：募兵制下，士兵與將領之間存在較強的隸屬關係，這可能導致士兵對將領的忠誠大於對朝廷的忠誠。隨着時間的推移，朝廷對軍隊的干預能力減弱，士兵可能只知有將而不知朝廷，從而使得將領有可能利用自己的軍隊來對抗朝廷，導致地方軍閥尾大不掉或起兵反叛。
軍隊穩定性差：軍餉不足可能導致軍隊人心不穩，容易造成國家動盪不安。士兵在前線作戰，如果國家連基本的軍餉都無法保證，自然心生不滿，容易引發譁變。
將領權力過大：募兵制下，將領往往擁有較大的權力，這可能導致將領可以利用自己的軍隊來對抗朝廷，形成難以駕馭的驕兵悍將。
軍事效率問題：由於調兵規則複雜，平常訓練士兵的不負責指揮打仗，負責指揮打仗的不負責訓練士兵，將軍上了戰場還不瞭解自己的士兵，士兵也沒有忠誠度，這可能導致軍隊的戰鬥力反而比府兵制還低。
歷史影響：歷史上，募兵制曾導致宋朝出現地方軍閥擁兵自重的情況，最終導致了五代十國的分裂割據，這可能是募兵制弊端的最好證明。