包埋材料主要包括石蠟、碳蠟、樹脂、火棉膠、塑料、硅橡膠、硅酸鹽、免燒包埋材料、陶瓷、金屬、冰醋酸、聚乙二醇、氧化鋁、Epon、甲基丙烯酸甲酯、明膠等。
這些材料根據不同的應用場景和需求選擇，例如，石蠟是最常用的生物材料包埋材料，適用於一般的生物樣本處理；碳蠟包埋的主要優點是不經過脫水與透明處理，特別適用於脂肪及類脂的製片；火棉膠主要用於大塊組織和眼球的包埋；塑料包埋需要特殊試劑脫水和透明，全過程必須手工操作，多用於骨髓穿刺，腎穿刺和肝穿刺等小塊組織的包埋；硅橡膠和硅酸鹽包埋材料則適用於鑄造模具的製作。