關於北斗奠安宮的故事，存在多個說法：
1. 第一個說法是，明嘉靖三十三年，倭寇集結千艘戰船，大舉侵犯福建。北斗奠安宮是當地“宮廟”，很多百姓為求保平安前往進香。後經相士指點，人們認為北斗主宰人間禍福，於是決定在北斗星君飛升處修建廟宇，以作崇奉，保佑一方平安。
2. 另一個說法是，北斗奠安宮曾幫助當地村民抵禦了一次災難。某日，海邊狂風大作，海浪翻滾，海灘上出現許多不明物體，形狀類似死豬。不久，這些不明物體全都變成了浮腫病者。原來它們是水鬼的惡作劇。村人為避災難，組織了神兵神將隊伍保衛村莊，而其中北斗奠安宮的“七聖神將”起到了關鍵作用。
然而，以上只是民間傳說，其真實故事詳情難以考證。