南京市擁有以下港口：
南京港：它是亞洲最大的內河港口之一，也是主樞紐港和對外開放的一類口岸。南京港包括龍潭、新生圩、儀徵和七壩等主要港區，擁有多個碼頭泊位。此外，南京港還包括銅井、板橋、梅子洲、浦口、上元門、下關、大廠、西壩、棲霞等其他港區。
浦口港：位於南京市西北部，長江北岸，與下關隔江相望，是長江下游著名的煤炭轉運口岸。
其他內河港區：根據規劃，南京內河港共劃分為五個港區，包括高淳港區、溧水港區、江寧港區、六合港區和浦口港區。
綜上所述，南京市的港口主要包括南京港及其多個港區，以及浦口港和其他規劃中的內河港區。