南京海底世界的交通方式有多種，主要包括捷運、公交和自駕。
乘坐捷運的方式有：
乘坐2號線至苜蓿園站，從1號口出來左拐搭乘觀光車直達海底世界。
乘坐2號線至下馬坊站，換乘34路公車至中山陵停車場，然後步行至海底世界。
乘坐2號線至孝陵衛站，換乘公交315路、142路、5路、36路、55路至衛崗站下車，步行可至。
乘坐公交的方式有：
在南京南站乘坐1號線到新街口站，換乘2號線到苜蓿園站下車，出站後乘坐觀光車或步行至海底世界。
乘坐201路/202路/206路/208路/210路等公車在「立水橋西」站下車，即可到達南京海底世界。
自駕的遊客可以參考以下路線：
使用百度地圖進行路線規劃，經泰山出口進入泰山南路，直行到達成賢路，右轉進入海底世界。
P3停車場靠近入口，按小時收費，適合帶小孩的家庭。
此外，南京海底世界還提供電子免費講解，並在入口處、海豚館內、表演區、三樓餐廳旁邊設有便利店。