南京兩日游的行程安排可以參考以下路線：
第一天：
鐘山風景區：上午首先遊覽中山陵，這是南京必來的景區，也是孫中山先生的陵墓。中山陵免費，但需要提前預約。中山陵附近有美齡宮、明孝陵、音樂台和靈谷景區等，可以根據遊玩時間和興趣進行選擇。
太平天國歷史陳列館：門票30元，可以在這裡了解太平天國的歷史，園區有江南庭院的氛圍，人少適合拍照。
中華門：原名聚寶門，是中國現存規模最大的城門之一，旁邊是南京城牆博物館，可以免費預約參觀。
大報恩寺：中國歷史上最為悠久的佛教寺廟之一，明成祖朱棣為紀念明太祖朱元璋和馬皇後而建的琉璃寶塔高達78.2米，是世界建築史上的奇蹟。
老門東：南京傳統民居聚集地，這裡風景一般，但小吃非常多，經常會有活動舉辦。
第二天：
橋北濱江公園：清晨前往橋北濱江生態公園看日出，這裡人少，可以欣賞南京長江大橋的壯觀景色。
鼓樓公園：始建於明代洪武十五年，有600年的歷史，紅牆青瓦，矗立在城市之中。
玄武湖公園：古名桑泊，是中國古代最大的皇家湖泊園林，也是當代僅存的江南皇家林園，有1500多年的歷史。
雞鳴寺：緊挨著玄武湖，南朝四百八十寺之首，有1700年的歷史。
南京博物院：可以了解南京的歷史和文化，展示豐富的歷史文物和藝術品。
以上行程僅供參考，具體遊玩時間和路線可以根據個人興趣和體力進行調整。