南朝士族衰落的原因主要包括以下幾點：
士族自身的腐朽。士族依賴其門第就能擔任高級官職，導致他們不思進取，政治上不求振作，生活上奢侈，脫離軍權，逐漸喪失了政治和軍事能力。
經濟實力的削弱。隨著家族關係的變化和封建依附關係的削弱，士族賴以生存的經濟基礎發生了動搖。
寒門新貴的興起。東晉末年戰亂不止，庶族地主因軍功地位上升，如劉裕等寒門人物掌握政權後，削弱了世家大族的軍政實權，重用寒門，使得士族的政治地位受到挑戰。
皇權的加強。九品中正制以來，士族在封建王朝中壟斷了人才選拔的權力，但隨著時間的推移，皇權逐漸加強，開始削弱士族的權力。
侯景之亂的影響。侯景之亂對士族造成了毀滅性的打擊，士族在戰爭中損失慘重，其社會地位和經濟基礎進一步受到動搖。
科舉制的實施。隋唐時期實施的科舉制，使門第不高的庶族地主通過考試參加到政權中來，摧垮了士族制度的政治基礎。
綜上所述，南朝士族的衰落是多方面因素共同作用的結果，包括士族自身的腐朽、經濟基礎的削弱、寒門新貴的興起、皇權的加強、侯景之亂的影響以及科舉制的實施等。