南氏家族的起源較為複雜，主要有以下幾種說法：
出自周代南仲之後，以祖名為姓。商王盤庚的妃子姜氏夢見龍入懷，生下一子，手握「南」字，長大後主管荊州，號為「南赤龍」。其曾孫南仲在周初擔任大夫，後世子孫遂以南為姓。
出自姬姓，春秋時衛國公子郢，字子南，其後代以祖字為姓，稱南氏。
出自春秋時晉國隱士之後，以地名為姓。春秋時期，有晉國高士居於南鄉（今山西），其後代子孫以地名為姓。
出自姒姓，源自夏禹之後，以國名為姓。據《史記·夏本紀》記載，夏禹後代中有的以「南」為姓。
出自少數民族改姓。如滿族南姓源自那拉氏，在清朝中葉以後改為南姓；今藏、滿、回、蒙古、朝鮮、僳僳等民族均有改漢姓為南氏者。
出自張姓，為避禍而改為南姓。明孝宗孝康張皇後死後，其兄弟仗勢欺人，被明世宗下令斬首。其後人為了生存，改為南姓。
這些不同的來源顯示了南姓家族起源的多樣性和複雜性。