製作南瓜子的方法有多種，以下是幾種常見的做法：
五香南瓜子。首先，將南瓜的籽取出，並剪去瓜瓤和空子，清洗乾淨後，將南瓜籽放入鍋中，加入足夠的食鹽、八角、桂皮、香葉和冰糖，加水熬煮十五分鐘後，關火浸泡五小時，之後撈出南瓜籽，控乾水分後，小火慢炒，直到聽到有啪啪的聲音，然後關火利用餘溫繼續翻炒，直至冷卻，即可食用。
微波爐南瓜子。首先，將南瓜籽清洗乾淨，然後在碗中加入足夠的清水和食鹽，將洗淨的南瓜籽放入鍋中煮開，轉小火煮十分鐘，之後連同鹽水一起浸泡一個晚上，第二天將南瓜籽放入微波爐專用容器中，高火加熱幾次，每次一分鐘，直到聽到南瓜子炸裂的聲音，大部分開口後即可停止加熱。
曬乾南瓜子。首先，將南瓜籽清洗乾淨，然後曬乾，曬乾後，將南瓜籽放入鍋中，加入適量的細鹽和大料瓣，小火煸炒，直到南瓜籽微黃，可以剝開看是否皮和籽已經分離，若分離則表示已經炒好，最後用漏勺撈出鹽分，裝入瓶子或料罐中保存。
烤箱南瓜子。首先，將南瓜籽洗淨，然後加入五香粉、鹽和水浸泡一晚，撈出瀝乾，接著將南瓜籽曬乾，最後，將烤箱預熱至四百度，烤十分鐘後翻動一次，再烤幾分鐘，直到瓜子呈金黃色即可。
這些方法各有特色，可以根據個人口味和喜好選擇適合的做法。