印度尼西亞的教育體系包括初等、中等和高等三個階段，實行免費的國小教育，學制為6年。中學分為國中和高中，各為3年，其中中等教育重視職業訓練，設有普通中學和職業中學。大學學制通常為3年，修滿課程後可獲得學士學位，進一步可攻讀碩士學位（2年）和博士學位（2-3年）。印度尼西亞有480餘所高等院校，1980年在校學生約40萬人。
儘管印度尼西亞的教育體系相對完善，擁有一些在亞洲享有盛譽的大學和學院，如印度尼西亞大學、加查大學和印度尼西亞工程學院等，提供廣泛學科領域的教育。但是，印尼的教育水平相對較低，成年人文盲率為10%，高中畢業率為27%。印尼政府自1998年以來增加了對教育的投資，並實施了一系列教育改革計劃，這些努力已經取得了一定的成果，教育水平正在逐步提高。
在高等教育方面，印度尼西亞最好的三所大學——印度尼西亞大學、加札馬達大學、萬隆理工學院，在世界排名位於296-332名之間，表明其高等教育水平與已開發國家相比存在差距。職業教育方面，印尼的職業教育機構占教育機構總量的5.4%，規模較小，發展水平也相對較低。