分子和原子的大小比較取決於具體的分子和原子。一般來說，對於同種元素，分子通常比單獨的原子大，例如，一個水分子（H₂O）就比構成它的氫原子和氧原子大。然而，對於不同種元素的分子和原子，或者不同物質的分子和原子，不能直接比較它們的大小，因為有的分子可能大於原子，而有的原子可能大於分子。
例如，鐵原子（Fe）就比氫分子（H₂）小，但鐵原子比單個氫分子（H₂）要大。這種差異是由於分子內部原子之間的化學鍵合以及分子的形狀和結構所導致的。
總的來說，分子的大小大約在10的-10次方米這個數量級上，而原子的大小基本在10的-11次方米這個數量級上，分子比原子要大一個數量級。然而，這種概括不應視為絕對規則，因為在實際比較時需要考慮特定分子和原子的具體性質和條件。