原子數目的計算方法主要取決於需要計算的對象。如果需要計算的是一定質量的某物質的原子數目，可以採取以下步驟：
確定該物質的化學式和相對分子質量(M)。
稱量該物質的質量(m)。
計算物質的量(n)，公式爲n=m/M。
計算原子數目，將化學式中每個原子的數目乘以物質的量(n)，再乘以阿伏伽德羅常數(通常取6.02×10^23)。
如果需要計算的是某個特定分子中的原子數目，可以直接將分子中每個原子的數目相加。例如，1個水分子(H2O)的原子數目爲2+1=3。
此外，對於晶體結構中的原子數目計算，如計算晶胞中的原子數目，需要分別計算頂點、棱上、面上和內部原子的貢獻，然後將這些數目相加。