去泛素化酶（DUBs）是一類重要的酶，負責移除蛋白質上的泛素標記。這些酶在細胞內調控蛋白質的穩定性和功能。目前已知的去泛素化酶主要包括以下幾類：
泛素特異性蛋白酶（USPs）。這是最大的去泛素化酶家族，包含多種蛋白酶，如USP1、USP3、USP11和USP28等，它們通常含有兩個保守的短片段，即賴氨酸盒和組氨酸盒，以及一箇三聯催化活性位點（半胱氨酸、組氨酸、天冬氨酸/天冬醯胺），能夠將泛素分子從大的蛋白上移除。
泛素羧基末端水解酶（UCHs）。屬於半胱氨酸蛋白酶，通常作用於分子量較小的多肽。UCHs通過裂解C末端76位甘氨酸，將泛素分子從底物上釋放出來。UCHs的活性位點具有狹窄裂隙和環狀結構直徑的限制，這有助於特異性識別底物。
卵巢腫瘤相關蛋白酶（OTUs）。雖然與其他家族的去泛素化酶在氨基酸序列上不同，但OTUs也具有三聯催化活性位點，與USP家族蛋白有相似性，並能起到去泛素化的作用。
Machado-Josephin結構域蛋白酶（MJDs）。這些蛋白酶含有MJD結構域，能夠去除泛素標記。
JAB1/MPN/MOV34蛋白酶家族（JAMM）。這些酶屬於金屬蛋白酶，能夠去除泛素標記。
MINDY蛋白酶家族。這是一箇新發現的去泛素化酶家族，與含有泛素的新型去泛素化酶家族相互作用的基序。
這些去泛素化酶在細胞內發揮着重要的調節作用，影響蛋白質功能和穩定性。