疫苗的製作方法主要分為以下幾種：
活疫苗。包括種毒鑑定、種毒批製備、細菌、病毒或寄生蟲培養、鑑定、抗原純化或提取、配苗凍乾及成品檢驗等多個流程。
滅活疫苗。包括種毒鑑定、種毒批製備、細菌、病毒或寄生蟲培養、鑑定、抗原提取、滅活、配苗及成品檢驗等過程。
重組亞單位疫苗。這種疫苗使用基因工程技術克隆特定病原體基因，通過細胞培養和純化技術生產高純度蛋白質疫苗，通常需要配合使用佐劑。
使用雞蛋作為培養基的疫苗。例如流感疫苗，病毒在雞蛋中複製增殖後，從雞蛋尿囊液中收穫病毒，經過純化、配製、分裝製成疫苗。
使用細胞培養的疫苗。在實驗室中，利用細胞培養技術來培養病毒，然後進行滅活、純化等處理。
每種疫苗的製作流程都有其獨特之處，取決於疫苗的類型和製備方法。