反相色譜柱（Reverse-phase chromatography column, RCC）的原理主要基於樣品中各組分與固定相之間的親疏水性相互作用。在反相色譜中，固定相通常是非極性的，如C18矽膠，而流動相是極性的溶劑，如甲醇、乙腈等。樣品在流動相的帶動下流經固定相時，各組分根據其疏水性的不同在固定相上的保留時間不同，從而實現分離。
具體來說，非極性化合物（疏水性較強的分子）更容易被流動相帶走，因此在色譜柱中的移動速度較快，先從柱中流出；相反，極性化合物（親水性較強的分子）更容易被固定相吸附，移動速度較慢，後從柱中流出。此外，通過調整流動相的組成和pH值，可以影響樣品中各組分與固定相之間的相互作用，進而最佳化分離效果。
反相色譜柱廣泛套用於分離非極性或疏水性化合物，包括大多數天然和合成有機化合物以及生物分子。在選擇和使用反相色譜柱時，需要考慮樣品性質、流動相的溶解度和純度等因素，以確保最佳的分離效果。