在口袋妖怪漆黑的魅影 遊戲中，三周目是 一個挑 戰性 較高的 階段，玩家需要面 對新的挑 戰和捕捉稀有妖怪。以下是三周目的主要 內容：
家中事件。 進入三周目 後，玩家回到自己的家，下 樓不 會有特 別的 劇情等待。
橙 華森林探索。直接 前往橙 華森林中部， 這裡有 一個新的入口 開放。
稀有妖怪捕捉。在橙 華森林中部有 機 會捕捉到Lv.30的雪拉比。
世界 狹 縫之旅。 從 夢之 實 驗室可以 進入世界 狹 縫，挑 戰其中的最 後 一個 門，面 對小智的 隊伍， 包括Lv.100的 天蠍王、赫拉克 羅斯、蜥蜴王、 噴火 龍、皮卡丘和卡比 獸。
火箭 隊再遭遇。再次 與火箭 隊交 鋒，他 們的 隊伍 包括Lv.100的梅卡 陽 瑪、 雙 彈瓦斯、阿柏怪、大食花、果然翁和海月水母。
夢世界之行。 進入 夢世界 後， 前往 夢源 鎮最南部的房子休息。
再次稀有妖怪捕捉。有 機 會捕捉到Lv.50的克雷 賽利 亞。
紅 蓮之窟探 險。 繼 續前行 進入 紅 蓮之窟， 並向上探索，直到 發 現新的洞口。
維 庫提尼出 現。 進入 後，玩家 將有 機 會捕捉Lv.30的 維 庫提尼。
此外， 還有其他一些地 點和挑 戰，如 斷罪之 間捕捉Lv.50的 蓋 諾 賽克特、紫堇市捕捉Lv.40的雷吉艾斯、水 靜市捕捉Lv.50的迪 奧西斯等。 這些挑 戰需要玩家具 備一定的技能和策略，以成功捕捉到 強大的口袋妖怪。