咖啡烘焙流程主要包括以下階段：
吸熱脫水。咖啡生豆開始吸熱，內部的水分逐漸蒸發，咖啡生豆的顏色從青綠色轉為黃色或淺褐色，銀皮開始脫落，這個階段主要作用是去除水分，約占烘焙時間的一半。
第一爆（一爆）。咖啡豆內水分開始氣化蒸發，咖啡豆內部一直持續的吸熱作用已經積聚了大量的能量，隨著內部物質的氣化逸出，轉變成一次劇烈的放熱作用，伴隨著一陣清脆而散亂的爆裂聲，這個階段咖啡豆內部壓力不斷變大，當達到一個臨界點之後，咖啡豆就開始爆裂，發出清脆的聲響，同時膨脹將近兩倍。
二次吸熱。在一爆結束後，咖啡豆進入二次吸熱過程，大量新的化合物在這個階段形成，並造就了咖啡豆的口感和風味，這個階段咖啡豆在風味上不僅保留了比較豐富和比較本真的特性，香氣豐富，果酸更加均衡、柔和。
第二爆（二爆）。大約到了220攝氏度，隨著咖啡豆內部能量的積聚，開始進行第二次爆裂，這一次聲響比較小且密集，二爆剛開始的階段，咖啡豆自身原始風味已經逐漸趨向均衡。
冷卻。咖啡烘焙之後需要立即冷卻，迅速停止高溫裂解作用，將風味鎖住，冷卻的方法有兩種，一種為氣冷式，一種為水冷式。