囚徒困境的原因可以從以下幾個方面理解：
個人理性與集體理性的衝突：囚徒困境的核心在於個人理性的選擇導致了集體的非理性。每個囚犯都希望自己能夠獲得最好的結果，但最終的結果卻不如人意。這是因為他們在選擇時忽略了集體利益，只考慮了自己的利益。
信息不對稱：在囚徒困境中，兩個囚犯的信息是不對稱的。他們不知道對方會做什麼選擇，只能根據自己的推斷來做出決策。由於信息不足，他們可能會做出錯誤的決策，進一步加劇了困境的嚴重性。
缺乏信任與合作機制：囚犯之間缺乏信任和合作機制，也是導致囚徒困境的一個重要原因。如果他們能夠建立起相互信任和合作的機制，他們就有可能達成更好的結果。然而，在現實中，這種機制往往很難建立，因為人們很難相信對方會遵守協定。
私人成本與社會成本的差異：囚徒困境的根本原因在於私人成本與社會成本的差異，即個人行為的負外部性。損人利己和損己利人本質上是一樣的，是一個硬幣的正反兩面。問題的關鍵是所損的部分和所利的部分哪個更多。
對自身利益的追求：每個囚犯選擇坦白的目的是為了自己能夠少坐牢。如果每個囚犯不是從自己的利益考慮，而是能夠為別人的利益考慮，那怕自己多坐牢也要讓對方先出去，那麼無論對方選擇什麼，都會選擇抗拒，最後的結果就是雙方都選擇抗拒，雙方也因此得到了最好的結果。
總的來說，囚徒困境的原因在於個人理性與集體理性的衝突、信息不對稱、缺乏信任與合作機制、私人成本與社會成本的差異以及對自身利益的追求。