國庫券和國債的主要區別在於期限、記名規定、載體、包含範圍和工具類型，具體如下：
期限不同。國庫券通常是指期限在一年以下的債券，主要用於短期資金籌集；國債（國家公債）的期限一般超過一年，用於彌補國家財政資金不足。
記名規定不同。國庫券一般是不記名的；國債既可以是不記名的，也可以是記名式，如憑證式和記賬式國債。
載體不同。國庫券通常以實物形式發行；國債則分為憑證式和記賬式兩種，後者以電子形式記錄債權。
包含範圍不同。國庫券通常屬於國家內債的一部分；國債包括國家內債和國家外債。
工具類型不同。國庫券屬於貨幣市場工具，是貼現證券的一種；國債屬於資本市場工具，是息票證券的一種。