基因污染的例子包括：
德國農民克勞納的玉米事件。1997年，德國農民克勞納開始種植先正達Bt-176玉米，三年內玉米長勢良好，無蟲害。然而，當這種玉米用來餵養母牛時，牛開始劇烈腹瀉並停止產奶，最終導致損失70頭牛。
普茲泰教授的實驗。1998年，英國Rowett研究所的普茲泰教授在電視上宣稱，實驗鼠腎臟、胸腺和脾臟生長異常或萎縮，免疫系統變弱。這些發現引起了對轉基因食品安全性的廣泛關注。
轉基因玉米NK603和MON810的雜交品種實驗。2007年，奧地利政府資助的研究顯示，被餵食了轉基因豌豆的小白鼠肺部產生炎症，過敏反應增加。
墨西哥野生玉米被轉基因玉米DNA片斷污染。2001年，美國加州大學伯克利分校環境系的研究人員在《自然》雜誌發表論文，指出墨西哥偏遠地區的野生玉米受到轉基因玉米DNA片斷的污染。
帝王蝶實驗。1999年，美國康奈爾大學的洛希教授發現，用轉基因抗蟲玉米花粉的葉片飼餵的美國大斑蝶（帝王蝶）幼蟲生長變得緩慢，死亡率高達44%。
這些事件表明，轉基因作物可能對環境和生態系統產生不可預見的負面影響。