基肥的使用方法主要包括以下幾點：
施用時間。基肥應在植物播種或移植前施用，通常在8月20日至9月中下旬進行，最遲不超過10月中下旬。
施用原則。基肥通常以有機肥為主，無機肥為輔；長效肥為主，速效肥為輔；氮、磷、鉀肥配合施用為主，根據土壤的缺素情況，個別補充為輔。
施用量。基肥的施用量應根據植物的需肥特點與土壤的供肥特性而定，一般基肥施用量應占該植物總施肥量的50%左右為宜。質地偏黏的土壤應適當多施，相反，質地偏沙的土壤應適當少施。
施用方法。基肥的施用方法有撒施、條施、層施、環狀施等。撒施是將肥料均勻撒於地表，然後翻入土壤中，適用於作物密度較大、根系遍布於整個耕作層且施用量相對較多的地塊。條施是結合耕地作壟，開溝條施基肥，覆土後播種，適用於條播作物或肥料較少的情況。分層施肥法是在施肥數量較大的情況下採用，可不斷供給作物各個生育時期的養分。
此外，基肥的使用還需注意以下幾點：
肥料種類。基肥中植物殘體肥或土雜肥等有機肥和礦質磷肥、草木灰等應全數作為基肥，其他肥料可部分作為基肥。
氮素化肥。基肥中氮素化肥應少用硝態和銨態氮化肥，因為蔬菜是喜硝態氮作物，但硝態氮化肥易被雨水或灌溉淋失，銨態氮化肥易影響作物鈣鎂肥吸收。
磷肥。磷肥應全數作為基肥，因為蔬菜對磷酸的吸收量較大。
鉀肥。鉀肥不宜太多，因為一次性鉀肥施用量過多會影響鈣、鎂等養分吸收，容易引起生理缺鈣、鎂元素的缺素症。