施加基肥的方法主要有以下幾種：
撒施法。在土壤翻耕前，將肥料均勻撒於地表，然後翻入土壤中。這種方法適用於作物密度較大、根系遍佈於整個耕作層的地塊。
條施法。結合梨地作壟，開溝條施基肥，覆土後播種，適用於條播作物或肥料較少的情況。
拌種法。先將要施入的肥料與填充物充分拌勻後再與種子相拌，一般隨拌隨種。
浸種法。先將肥料用水溶解製成很稀的溶液，然後將種子浸入溶液中一段時間。
穴施法。將肥料放入對應大小的窩穴中，再將其埋低。
深施法。結合深翻深施基肥，可以使表土混至中下層以便作物根系吸收利用。
施用基肥時，應選擇充分腐熟的有機肥或肥料，並根據植物的需肥特點與土壤的供肥特徵確定施用量。基肥的施用量一般應占植物總施肥量的50%左右。施肥時，應避免肥料直接接觸到根系，尤其是對根繫有較大要求的蔬菜作物。此外，根據土壤的缺素情況，個別補充也是必要的。