《境界的彼方》未來篇的故事主要圍繞著主人公神原秋人、名瀨美月、神原秋人控制的虛無之影以及鳥嗚的真相展開。虛無之影的力量覺醒後，它將所有在虛無世界的人類轉化為對未來的影響力的因子。這個新的力量的源頭不明，沒有影響他人的情緒或者思維。這個過程也讓秋人身邊的人都開始產生了對未來不明確的焦慮和恐懼。
同時，名瀨美月試圖用盡一切方法保護未來，並且將過去對未來的誤會解開，解決這一切問題。故事最後，秋人跟美月的關係也發生了變化，他們的感情得到了升華。
未來篇是《境界的彼方》的一個大轉折，它對故事情節進行了許多新的設定和引入了新的角色，使故事更加豐富和複雜。