壞賬覈銷的方法主要有兩種，分別是直接覈銷法和備抵法。
直接覈銷法是在壞賬實際發生時，直接將應收賬款沖銷，借記“壞賬損失賬戶”，貸記“應收賬款賬戶”。這種方法操作簡單，適用於壞賬比較明顯且金額較大的情況。
備抵法是建立壞賬準備金，用於覈銷實際發生的壞賬。首先，根據歷史壞賬率或對每個客戶的風險程度評估，計提壞賬準備金，借記“資產減值損失”科目或“管理費用”，貸記“壞賬準備”；當壞賬實際發生時，需要調整壞賬準備金，借記“壞賬準備賬戶”，貸記“損益類賬戶（損失或成本）”。這種方法適用於壞賬較隱蔽且金額不是很大的情況。
在實際操作中，企業向資產管理部門提出壞賬覈銷申請，財務部門提出審覈意見，法律事務部提供或確認證明相關資產損失的法律文書及相關資料，最後提請公司總經理、董事會或股東會批准。在稅務處理上，壞賬損失的確認和覈銷可能需要稅務機關的批准，特別是金額較大的壞賬。