士族制度的原因主要包括政治、經濟和社會三個方面。以下是詳細介紹：
政治方面。士族完全控制了東晉政權，使得皇權衰微，官職分為清濁，高官厚祿的清職由士族擔任，而低級官吏為濁職，士人不屑一顧，此外，士族還享有政治特權，確立了「舉賢不出世族，用法不及權貴」的原則，使門閥特權高於法律。
經濟方面。東晉時期，門閥大土地所有制進一步發展，門閥利用政治保護兼併土地，封山占澤，田莊規模不斷擴大，蔭客人數增多，擁有大量奴隸，封建依附關係進一步發展。
社會方面。門閥世族為炫耀社會地位，實行清濁隔離，嚴禁與庶族通婚、同俗、同衣、同食、同往、同處，嚴格家譜編撰和禮法門風，以維護其特殊的社會地位。
這些因素共同作用，導致士族制度在歷史上逐漸衰落。