大蜜丸的製作流程主要包括以下步驟：
配方與打粉。根據藥方將藥材細火烘焙或暴曬乾燥後，使用打粉機將其打成細粉，然後裝入消毒盆內備用。
配蜜。按照藥粉的重量，配備相當於1.2到1.5倍的藥粉量的蜂蜜。如果藥材中含有較多的糖質、膠質或澱粉，則蜂蜜的比例應調整為1:1到1.2:1。
煉蜜。煉蜜的目的是去除雜質、破壞酵素、殺滅細菌、蒸發水分並增強蜂蜜的粘性。先將蜂蜜用武火熬沸，然後改為文火慢熬，觀察蜂蜜的顏色和特性，直到達到「滴水成珠」的狀態，即蜂蜜在水中不散開而沉底。煉蜜分為嫩蜜、中蜜和老蜜，根據藥材的性質選擇合適的煉蜜類型。
調藥與和藥。將煉好的蜂蜜倒入裝有藥粉的消毒盆中，用粗竹筷攪拌，邊倒入蜂蜜邊調整藥粉，直到看不到乾藥粉為止。
搓條與和丸。在手掌心點少量甘油、芝痲油或花生油，避免藥團粘手或粘器具，使丸藥圓滑光亮。將和好的藥團分為若乾小團，每小團搓成條狀後，切成節，每節搓成一丸。
包裝與貯藏。製成的蜜丸應放在陰涼乾燥處貯存，表面變硬後，用蠟紙、玻璃紙、塑膠袋或蠟殼等包好。