大豆根腐病的病原主要包括多種真菌，其中一些主要的病原菌包括：
尖孢鐮刀菌。這種菌能夠引起大豆根腐病，尤其在種子發芽和分枝期時侵染率較高。
燕麥鐮刀菌。這種菌也是大豆根腐病的一個常見病原。
立枯絲核菌。這種菌是引起大豆根腐病的次要病菌。
腐黴菌。這種菌在土壤中廣泛存在，能夠引發大豆根腐病。
鐮孢霉。這種菌也屬於半知菌亞門，能夠引起大豆根腐病。
此外，還有一些其他病原菌，如Fusarium spp.，這些真菌在土壤中廣泛存在，在適當的條件下，如高溫高濕、土壤板結等，會引發大豆根腐病。不同地區地理環境、土壤理化性質、氣候條件不同，導致不同區域優勢病原菌種類也有一定差異。