天然水晶和人工水晶（合成水晶）之間存在幾個主要的區別：
顏色和均勻性。天然水晶通常含有微小的內含物，如棉絮狀物質或石紋，顏色不均，展現出自然的美感；合成水晶，尤其是彩色合成水晶，顏色非常均一，因為它們是經過人工處理的。
光澤和光彩。天然水晶在光照下，其晶體冰裂面上會顯現出從內部發出的彩色光彩；合成水晶的光彩則主要體現在表面，且可能因加入鉛而顯得更加明亮。
重量和折射率。天然水晶具有一定的重量，折射率大約為1.54；合成水晶通常較輕，折射率可能小於1或與天然水晶的折射率相差甚遠。
手感。天然水晶用舌頭舔有冰冷感；合成水晶則沒有這種感覺。
通過這些特徵，可以較為容易地區分天然水晶和人工水晶。