紅茶菌在發酵過程中，如果菌膜上出現了黴菌，應該立即帶上一次性手套，迅速將菌膜取出並丟棄，然後繼續發酵大約4天，並定期觀察是否有再次長霉的情況。如果仍然出現長霉，那麼就需要將整罐的紅茶菌倒掉。在更換菌液時，應儘量佩戴口罩，並確保工具消毒乾淨。
紅茶菌容易受到細菌污染，尤其是在培養初期，由於酸性微弱，更容易受到細菌的污染。污染的途徑可能包括人體、空氣、昆蟲、器皿、工具、紗布等。為了防止黴菌感染，需要嚴格遵守操作規程，並進行徹底的消毒。例如，所有的器皿和工具需要消毒，雙手也需要用肥皂洗淨或用消毒水消毒。在環境衛生不良或通風條件不良的環境中，應避免使用紅茶菌，因為這些環境中的塵埃和細菌可能會成為污染源。此外，應使用繩線或膠帶仔細纏繞紗布，防止昆蟲進入。培養器皿必須嚴格洗滌和消毒，以避免污染。如果菌種在培養前已經發霉或帶有異味，也可能導致菌膜的污染。pH值在4.5到5.0之間時，細菌幾乎不能生長，因此不易被黴菌感染。在放入菌種前，應確保茶糖水已經冷卻，以避免燙傷菌種，從而增加發霉的機率。在更換紗布時，應注意不要讓灰塵、細菌或昆蟲進入，並在適當的時候再打開紗布。