奶瓶刷的消毒方法取決於其材質和類型。對於旋轉尼龍奶瓶刷，可以使用煮沸或蒸汽消毒的方法，因為它們可以承受高達120度的高溫。在使用完畢後，應將其放入消毒鍋中進行消毒。而對於旋轉海綿奶瓶刷，重點在於保持乾燥和通風，以避免潮濕環境下海綿體產生黴菌。清洗後，應確保其在乾燥的環境下晾乾。
此外，奶瓶刷也應定期更換，以保持衛生。如果奶瓶刷出現矽膠刷毛變粘或斷裂的情況，應及時更換新品。一般情況下，建議每三個月更換一次奶瓶刷。在消毒奶瓶刷時，應注意不要將刷頭完全浸入沸水中，以免損壞，而是將矽膠刷頭放入沸水中煮沸30秒左右。
在存放奶瓶刷時，應放置於小孩觸碰不到的地方，並遠離火源。如果家裡有消毒碗櫃，也可以在清洗奶瓶刷後將其放入上層進行消毒。消毒後，奶瓶刷應晾乾或在太陽下曬一曬，以保持乾爽並防止細菌滋生。