使用微生物菌肥的方法主要包括以下幾個步驟：
選擇合適的微生物菌肥品種，考慮土壤類型、作物種類和需肥特點。
播種前處理，可以在播種前用清水浸種，然後用微生物菌肥拌種，陰乾後播種，以預防病害。
苗期使用，在育苗的營養土中加入微生物菌肥，可以促進根系生長和幼苗健康。
做底肥或追肥時，可以將微生物菌肥與有機肥、複合肥料等混合使用，提高肥料利用率並抑制土壤病害。
作爲葉面肥，噴灑到作物葉片上，其有益菌可快速繁殖並分泌殺菌物質。
施用量應根據土壤狀況和作物類型調整，一般每畝施用50至100公斤微生物菌肥，對於貧瘠土壤可適當增加。
施用時避免陽光直射，均勻撒佈在土壤表面，然後用犁或耙子拌勻。
施用後及時澆水，促進微生物繁殖和植物營養吸收。
此外，需要注意的是微生物菌肥不宜與殺菌劑和生物農藥混合使用。同時，應避免在極端溫度或乾旱條件下使用，因爲這些條件會影響菌肥的活性。