清洗底砂的方法取決於底砂的類型和污垢程度，以下是幾種常見的清洗方法：
手動清洗。首先將部分底砂倒入大容器中，輕輕搖晃以讓雜質沉澱，然後將上層清水倒出，留下需要清洗的底砂，用水管沖洗底砂並攪動，以幫助污垢和雜質浮起，使用細網撈出浮在水面的雜質，最後將清洗後的底砂放回魚缸。
使用虹吸器。適用於底砂污染不嚴重時，通過虹吸器吸出底部的污物，如果底砂也被污染，需要將魚兒撈出並排空水後清洗底砂，之後可使用高錳酸鉀等進行消毒。
使用造流設備。對於較細的沙子，如海沙，可增加能翻動沙子的生物，如鼠魚，或加強水流，以幫助清潔，對於顆粒較大的沙子，可使用抽水泵配合造流設備，利用水泵的吸力吸走雜質。
新砂清洗。將新砂放入塑料桶中，用最大水流沖洗，重複幾次直到水變清澈，對於顆粒較細的砂子，可能需要衝洗更多次。
此外，在清洗過程中，應避免使用肥皂或其他化學洗滌劑，以免殘留對魚有害，同時，清洗頻率應根據魚缸中魚的數量和底砂的髒污程度來決定，一般每個月至少清洗一次。