清洗珊瑚石的方法主要有兩種：
漂白水溶液清洗：
在4.5升水中加入兩杯漂白水，調配成漂白水溶液。
將珊瑚石浸泡在漂白水溶液中消毒一星期。
隨後改用清潔水再浸泡一週，以去除珊瑚石上吸附的漂白粉味道。
如果漂白粉異味仍然不能徹底去除，可以用流動的清潔水沖洗珊瑚石，直到無異味爲止。
煮沸、曝曬殺菌：
對於小片的珊瑚石，可以放入清潔水中加溫至煮沸，大約1小時後取出並用自來水沖洗一遍，以去除表面的雜質和碎屑。
接着在清潔水中浸泡10～12小時，再用水管沖洗一次。
最後將珊瑚石放在太陽下曝曬、殺菌。
在進行清洗時，應注意安全，避免珊瑚石受到損傷。同時，清洗後的珊瑚石應徹底乾燥後再進行使用，以防止微生物的再次滋生。