製作水波蛋的方法有多種，以下是一種常見的做法：
準備一箇新鮮的雞蛋並將其敲入碗中。
準備一鍋水並加熱至沸騰，然後關小火。在水開始冒小泡泡時，加入適量的白醋或米醋（佔水量的1/5到1/6）。
在水中用筷子或勺子打一箇漩渦。
將火調至中小火，緩緩將蛋液從碗倒入鍋中漩渦的中心。
用勺子或橡皮刮刀輕輕將散開的蛋白往蛋黃處攏。
煮約兩到三分鐘，直到蛋白凝固，如果不喜歡溏心蛋，可以煮得更久直至蛋黃完全熟透。
煮好後，用勺子撈出雞蛋，用涼水沖洗掉表面的白醋或米醋，並修剪掉絮狀物。
可根據個人喜好製作醬汁，如生抽、香油等，並撒上一些松子或其他果仁作爲裝飾。
這種方法製作的水波蛋形狀圓潤，內部保持流心狀態，非常適合作爲早餐食用。