妹妹的孩子應該稱呼自己的哥哥為舅舅。這種稱呼體現了舅甥之間的關係。在某些情況下，如果家庭有特殊的稱呼習慣，妹妹的孩子也可以選擇稱呼哥哥為叔叔。除此之外，人們通常會根據孩子的名字或小名來稱呼他們，而不是固定的親屬稱呼。