軟弱
始祖大鳥的特性是「軟弱」，這個特性的效果是當該特性的寶可夢HP不足1/2時，攻擊與特攻降為1/2。儘管這是一個負面特性，但在某些情況下，始祖大鳥可以利用自己的速度先手放變化技能，減半後的雙攻補個刀一般還是夠的。
在外觀特徵上，始祖大鳥具有一些鳥類的特徵，如長有羽毛，胸部有叉骨，前肢腕骨部分癒合，後肢母趾與其他趾對生，便於在樹枝上棲息等。然而，它的大部分特徵都是爬行類的，如長長的尾骨（達20塊）和前肢（翅膀）上有三個分開的指骨，指端有發達的爪子。此外，屬於爬行類的特徵還有前顎骨和顎骨未角質化（即無鳥喙），口中有牙齒；顱骨為爬行類構造；鼻孔與眼睛距離遠；骶椎只有6塊（鳥類有11到23塊）；骨中沒有氣腔（鳥類的骨中有充氣的空隙）；腓骨和脛骨一樣長（鳥類的腓骨退化）；跖骨分離（鳥類的跖骨融合）等等。實際上，如果不是長著有羽毛的翅膀的話，始祖鳥很容易被當成是一種爬行類動物。