媽祖愛情故事有很多版本，以下是其中兩個版本：
版本一：媽祖原是一位年輕美麗的女子，她與一個普通的漁民相愛，但是她的父母不同意他們之間的關係。在父母的壓力下，漁民無法保護他的愛情，他選擇了逃避，離開了媽祖的家鄉。媽祖在絕望中投海自盡，她的父母發現後，用燒紅的鐵鏈把她從海里拉上來，但媽祖已經死了。漁民回來後，在海邊發現了媽祖的屍體，他悲痛欲絕，於是將她安葬在海邊的高山上。這之後，人們經常看到一女子站在山頂上，手持鐵鏈守護著漁民和漁民的船隊。媽祖的父母也接受了這一事實，並開始供奉媽祖，稱她為海神。
版本二：傳說媽祖愛上了當地的另一位男子，他們一起出海捕魚，一起捕撈海鮮，但是其他男子卻對媽祖心生嫉妒。因為媽祖的名聲和影響力日益增大，而其他男子卻沒有這個機會，因此嫉妒情緒越發強烈。這導致了該男子為維護自身權益對媽祖提出保護和抗議的行為，於是引起了輿論壓力。後來二人因為外界輿論和壓迫被迫分開後跳海殉情了。由於他們兩人在一起後發生的事情都與海有關，所以後人稱之為“媽祖的愛情故事”。
這些故事都表現了媽祖的愛情感受和人們對愛情的嚮往和追求。