孔乙己被打斷腿的直接原因是他的偷竊行爲。他在咸亨酒店因偷竊而遭到丁舉人的毒打，導致腿部受傷。
然而，孔乙己被打斷腿的根本原因在於封建科舉制度對他的摧殘。孔乙己深受封建科舉制度的毒害，他迷戀於自己頭腦中虛幻的“高人一等”的讀書人身份，這種價值觀念的形成是長期受教育的結果，幾十年耳濡目染的教育早已將“萬般皆下品，惟有讀書高”的觀念滲入到他的心靈深處。
此外，社會原因和個人原因也加劇了他的悲慘命運。社會貧富懸殊、階級對立以及人際關係的冷漠勢利，使得孔乙己生活在一箇敵對的異己環境中，他不僅被社會權貴與統治階層欺壓，還被同屬被壓迫階級的其他成員輕視與恥笑。而他自身的好喝懶做、鄙視勞動的性格特點，也進一步削弱了他的生存能力和社會地位。