密宗修行方法主要包括以下幾個階段和練習：
寶瓶灌頂。修行者首先想像自己與本尊合一，接著想像與明妃雙修，此過程中不可升起欲望。此階段旨在淨化身心，為後續修行做準備。
秘密灌頂。修行者選擇一名明妃（通常是二十歲以下的處女），將女子獻給上師，進行曼陀羅儀式，取出女性的精華，讓弟子吞下，此階段涉及更深入的身心修煉和上師的加持。
智慧灌頂。秘密灌頂後，上師教導男性修行者進入大樂禪定的方式，與女性修行者在不出精華的狀態下進行男女運動，以進入禪定狀態，此階段關注智慧的開啟和身心的統一。
勝義灌頂。為修行的最後階段，涉及更深層次的精神修煉和覺悟。
聲聞乘的教法。強調將五毒（貪、嗔、痴、慢、疑）轉為道用，通過嚴格戒律避免負能量，此方法需歷經長時間修行才能成佛。
菩薩乘。以菩提心為原則，試圖感化所有對境，增進正能量，通過這種方式達到即生解脫。
金剛乘。金剛乘的獨特之處在於可以直接將五毒轉為五智，使生活與修行不脫節，通過這種方式可以即生成佛。
持誦真言咒語。包括開口念誦、蓮花念誦、金剛念誦和瑜伽念誦等層次，要求心無雜念、聲音適中、專注觀想等。
意密。在密宗修持中非常重要，通過觀想來引導身密和口密，包括觀宇宙和五大嚴身觀等。
選擇上師和灌頂儀式。學密者首先選擇上師並接受灌頂儀式，如生起次第和圓滿次第的修習，逐步達到更高的精神境界。